lammps documentation · 4 run lammps 71 4.1 basics of running lammps. . . . . . . . . . . . . . . ....

LAMMPS Documentation

The LAMMPS Developers

Mar 20, 2020

USER DOCUMENTATION

I 19 Mar 2020 version 1

1 Introduction 51.1 Overview of LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51.2 What does a LAMMPS version mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.3 LAMMPS features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

1.3.1 General features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.3.2 Particle and model types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71.3.3 Interatomic potentials (force fields) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71.3.4 Atom creation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81.3.5 Ensembles, constraints, and boundary conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81.3.6 Integrators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91.3.7 Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91.3.8 Output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91.3.9 Multi-replica models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91.3.10 Pre- and post-processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101.3.11 Specialized features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

1.4 LAMMPS non-features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101.5 LAMMPS open-source license . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121.6 Authors of LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121.7 Additional website links . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

2 Install LAMMPS 152.1 Download an executable for Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

2.1.1 Pre-built Ubuntu Linux executables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152.1.2 Pre-built Fedora Linux executables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162.1.3 Pre-built EPEL Linux executable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172.1.4 Pre-built OpenSuse Linux executable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172.1.5 Gentoo Linux executable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182.1.6 Archlinux build-script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

2.2 Download an executable for Mac . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182.3 Download an executable for Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192.4 Download an executable for Linux or Mac via Conda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192.5 Download source and documentation as a tarball . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202.6 Download the LAMMPS source with git . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202.7 Applying patches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

3 Build LAMMPS 253.1 Build LAMMPS with CMake . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253.2 Build LAMMPS with make . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283.3 Link LAMMPS as a library to another code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

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3.4 Basic build options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323.4.1 Serial vs parallel build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333.4.2 Choice of compiler and compile/link options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 343.4.3 Build LAMMPS as an executable or a library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363.4.4 Build the LAMMPS documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373.4.5 Build LAMMPS tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383.4.6 Install LAMMPS after a build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

3.5 Optional build settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383.5.1 C++11 standard compliance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393.5.2 FFT library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393.5.3 Size of LAMMPS data types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413.5.4 Output of JPG, PNG, and movie files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 423.5.5 Read or write compressed files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433.5.6 Memory allocation alignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433.5.7 Workaround for long long integers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443.5.8 Exception handling when using LAMMPS as a library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

3.6 Include packages in build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443.7 Packages with extra build options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

3.7.1 COMPRESS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 483.7.2 GPU package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493.7.3 KIM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503.7.4 KOKKOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 513.7.5 LATTE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 533.7.6 MESSAGE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543.7.7 MSCG package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543.7.8 OPT package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553.7.9 POEMS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553.7.10 PYTHON package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563.7.11 VORONOI package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563.7.12 USER-ADIOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573.7.13 USER-ATC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573.7.14 USER-AWPMD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 583.7.15 USER-COLVARS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 593.7.16 USER-PLUMED package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 603.7.17 USER-H5MD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 613.7.18 USER-INTEL package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623.7.19 USER-MOLFILE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623.7.20 USER-NETCDF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 633.7.21 USER-OMP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 633.7.22 USER-QMMM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 643.7.23 USER-QUIP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 653.7.24 USER-SCAFACOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 653.7.25 USER-SMD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 663.7.26 USER-VTK package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66

3.8 Notes for building LAMMPS on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 673.8.1 General remarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 673.8.2 Running Linux on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 673.8.3 Using a GNU GCC ported to Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 673.8.4 Using a cross-compiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683.8.5 Native Visual C++ support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

3.9 Development build options (CMake only) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683.9.1 Verify compilation flags . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683.9.2 Address, Undefined Behavior, and Thread Sanitizer Support . . . . . . . . . . . . . . . . . 693.9.3 Code Coverage and Testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69

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4 Run LAMMPS 714.1 Basics of running LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 714.2 Command-line options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 724.3 Screen and logfile output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 794.4 Running LAMMPS on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

5 Commands 835.1 LAMMPS input scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 835.2 Parsing rules for input scripts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 845.3 Input script structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86

5.3.1 Initialization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 865.3.2 System definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 865.3.3 Simulation settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 865.3.4 Run a simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87

5.4 Commands by category . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.4.1 Initialization: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.4.2 Setup simulation box: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.4.3 Setup atoms: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.4.4 Force fields: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875.4.5 Settings: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885.4.6 Operations within timestepping (fixes) and diagnostics (computes): . . . . . . . . . . . . . . 885.4.7 Output: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885.4.8 Actions: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885.4.9 Input script control: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88

5.5 General commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885.6 Fix commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 895.7 Compute commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 905.8 Pair_style potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 915.9 Bond_style potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 935.10 Angle_style potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 935.11 Dihedral_style potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 935.12 Improper_style potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 945.13 KSpace solvers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 945.14 Removed commands and packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94

5.14.1 Fix ave/spatial and fix ave/spatial/sphere . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 945.14.2 MEAM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 955.14.3 REAX package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 955.14.4 USER-CUDA package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 955.14.5 restart2data tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

6 Optional packages 976.1 Standard packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 976.2 User packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 986.3 Package details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

6.3.1 ASPHERE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1006.3.2 BODY package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1016.3.3 CLASS2 package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1016.3.4 COLLOID package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1016.3.5 COMPRESS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1026.3.6 CORESHELL package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1026.3.7 DIPOLE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1036.3.8 GPU package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1036.3.9 GRANULAR package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1046.3.10 KIM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104

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6.3.11 KOKKOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1056.3.12 KSPACE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1066.3.13 LATTE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1076.3.14 MANYBODY package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1076.3.15 MC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1086.3.16 MESSAGE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1086.3.17 MISC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1096.3.18 MOLECULE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1096.3.19 MPIIO package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1106.3.20 MSCG package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1106.3.21 OPT package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1116.3.22 PERI package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1116.3.23 POEMS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1126.3.24 PYTHON package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1126.3.25 QEQ package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1136.3.26 REPLICA package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1136.3.27 RIGID package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1146.3.28 SHOCK package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1146.3.29 SNAP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1156.3.30 SPIN package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1156.3.31 SRD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1166.3.32 VORONOI package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1166.3.33 USER-ADIOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1176.3.34 USER-ATC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1176.3.35 USER-AWPMD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1186.3.36 USER-BOCS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1186.3.37 USER-CGDNA package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1186.3.38 USER-CGSDK package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1196.3.39 USER-COLVARS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1196.3.40 USER-PLUMED package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1206.3.41 USER-DIFFRACTION package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1206.3.42 USER-DPD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1216.3.43 USER-DRUDE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1216.3.44 USER-EFF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1226.3.45 USER-FEP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1236.3.46 USER-H5MD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1236.3.47 USER-INTEL package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1246.3.48 USER-LB package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1246.3.49 USER-MGPT package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1256.3.50 USER-MISC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1256.3.51 USER-MANIFOLD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1266.3.52 USER-MEAMC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1266.3.53 USER-MESODPD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1276.3.54 USER-MOFFF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1276.3.55 USER-MOLFILE package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1286.3.56 USER-NETCDF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1286.3.57 USER-OMP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1296.3.58 USER-PHONON package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1306.3.59 USER-PTM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1306.3.60 USER-QMMM package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1306.3.61 USER-QTB package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1316.3.62 USER-QUIP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1316.3.63 USER-REACTION package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1326.3.64 USER-REAXC package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132

iv

6.3.65 USER-SCAFACOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1336.3.66 USER-SDPD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1336.3.67 USER-SMD package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1346.3.68 USER-SMTBQ package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1346.3.69 USER-SPH package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1356.3.70 USER-TALLY package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1356.3.71 USER-UEF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1356.3.72 USER-VTK package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1366.3.73 USER-YAFF package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136

7 Accelerate performance 1397.1 Benchmarks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1397.2 Measuring performance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1407.3 General tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1417.4 Accelerator packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

7.4.1 GPU package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1437.4.2 USER-INTEL package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1457.4.3 KOKKOS package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1527.4.4 USER-OMP package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1587.4.5 OPT package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160

7.5 Comparison of various accelerator packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

8 Howto discussions 1658.1 Tutorials howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165

8.1.1 LAMMPS GitHub tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1658.1.2 PyLammps Tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1778.1.3 Using LAMMPS with Bash on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190

8.2 General howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1998.2.1 Restart a simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1998.2.2 Visualize LAMMPS snapshots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2008.2.3 Run multiple simulations from one input script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2008.2.4 Multi-replica simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2028.2.5 Library interface to LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2038.2.6 Coupling LAMMPS to other codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2068.2.7 Using LAMMPS in client/server mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207

8.3 Settings howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2098.3.1 2d simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2098.3.2 Triclinic (non-orthogonal) simulation boxes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2108.3.3 Thermostats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2138.3.4 Barostats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2148.3.5 Walls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2158.3.6 NEMD simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2168.3.7 Long-range dispersion settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216

8.4 Analysis howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2178.4.1 Output from LAMMPS (thermo, dumps, computes, fixes, variables) . . . . . . . . . . . . . 2178.4.2 Use chunks to calculate system properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2228.4.3 Calculate temperature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2258.4.4 Calculate elastic constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2258.4.5 Calculate thermal conductivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2268.4.6 Calculate viscosity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2278.4.7 Calculate diffusion coefficients . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229

8.5 Force fields howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2298.5.1 CHARMM, AMBER, COMPASS, and DREIDING force fields . . . . . . . . . . . . . . . 2298.5.2 TIP3P water model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231

v

8.5.3 TIP4P water model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2328.5.4 SPC water model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234

8.6 Packages howto . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2358.6.1 Finite-size spherical and aspherical particles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2358.6.2 Granular models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2388.6.3 Body particles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2398.6.4 Polarizable models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2458.6.5 Adiabatic core/shell model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2468.6.6 Drude induced dipoles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2498.6.7 Tutorial for Thermalized Drude oscillators in LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2508.6.8 Manifolds (surfaces) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2568.6.9 Magnetic spins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257

9 Example scripts 2599.1 Lowercase directories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2599.2 Uppercase directories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261

10 Auxiliary tools 26310.1 Pre-processing tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26310.2 Post-processing tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26310.3 Miscellaneous tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26410.4 Tool descriptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264

10.4.1 amber2lmp tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26410.4.2 binary2txt tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26410.4.3 ch2lmp tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26410.4.4 chain tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26510.4.5 CMake tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26510.4.6 colvars tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26510.4.7 createatoms tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26610.4.8 doxygen tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26610.4.9 drude tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26610.4.10 eam database tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26610.4.11 eam generate tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26610.4.12 eff tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26710.4.13 emacs tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26710.4.14 fep tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26710.4.15 i-pi tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26710.4.16 ipp tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26710.4.17 kate tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26810.4.18 lmp2arc tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26810.4.19 lmp2cfg tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26810.4.20 matlab tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26810.4.21 micelle2d tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26810.4.22 moltemplate tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26910.4.23 msi2lmp tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26910.4.24 phonon tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26910.4.25 polybond tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26910.4.26 pymol_asphere tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27010.4.27 python tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27010.4.28 replica tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27010.4.29 reax tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27010.4.30 smd tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27110.4.31 spin tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27110.4.32 singularity tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271

vi

10.4.33 vim tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27110.4.34 xmgrace tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271

11 Modify & extend LAMMPS 27311.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27311.2 Submitting new features for inclusion in LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27411.3 Atom styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27711.4 Pair styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27811.5 Bond, angle, dihedral, improper styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27811.6 Compute styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27911.7 Fix styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28011.8 Input script command style . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28111.9 Dump styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28211.10 Kspace styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28211.11 Minimization styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28211.12 Region styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28311.13 Body styles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28311.14 Thermodynamic output options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28311.15 Variable options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284

12 Use Python with LAMMPS 28512.1 Overview of Python and LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28512.2 Run LAMMPS from Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28512.3 Build LAMMPS as a shared library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286

12.3.1 Build LAMMPS as a shared library using make . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28612.3.2 Build LAMMPS as a shared library using CMake . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286

12.4 Installing LAMMPS in Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28712.5 Extending Python to run in parallel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28812.6 Test the Python/LAMMPS interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289

12.6.1 Test LAMMPS and Python in serial: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28912.6.2 Test LAMMPS and Python in parallel: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28912.6.3 Running Python scripts: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290

12.7 Python library interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29112.8 PyLammps interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29612.9 Example Python scripts that use LAMMPS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29612.10 Call Python from a LAMMPS input script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298

13 Errors 30113.1 Common problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30113.2 Reporting bugs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30213.3 Error messages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30313.4 Warning messages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387

14 Building the LAMMPS manual 39714.1 Installing prerequisites for HTML build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398

14.1.1 Ubuntu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39814.1.2 Fedora (up to version 21) and Red Hat Enterprise Linux or CentOS (up to version 7.x) . . . 39814.1.3 Fedora (since version 22) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39814.1.4 MacOS X . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 398

14.2 Installing prerequisites for epub build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39914.2.1 ePUB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399

15 Commands 40115.1 angle_coeff command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401

15.1.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 401

vii

15.1.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40115.1.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40115.1.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40215.1.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 402

15.2 angle_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40215.2.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40215.2.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40215.2.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40215.2.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40415.2.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40415.2.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 404

15.3 atom_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40415.3.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40415.3.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40415.3.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40515.3.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40615.3.5 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406

15.4 atom_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40615.4.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40615.4.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40715.4.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40715.4.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41015.4.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41115.4.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 411

15.5 balance command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41115.5.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41115.5.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41215.5.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41215.5.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41915.5.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 419

15.6 bond_coeff command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41915.6.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41915.6.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41915.6.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41915.6.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42015.6.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 420

15.7 bond_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42015.7.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42015.7.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42015.7.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42015.7.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.7.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.7.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422

15.8 bond_write command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.8.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.8.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.8.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42215.8.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42315.8.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 423

15.9 boundary command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42315.9.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42315.9.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42315.9.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42315.9.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424

viii

15.9.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42415.9.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424

15.10 box command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42415.10.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42415.10.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42515.10.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42515.10.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42515.10.5 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425

15.11 change_box command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42515.11.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42515.11.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42615.11.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42615.11.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.11.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.11.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 430

15.12 clear command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.12.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.12.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.12.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43015.12.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 430

15.13 comm_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43115.13.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43115.13.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43115.13.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43115.13.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.13.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.13.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433

15.14 comm_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.14.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.14.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.14.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43315.14.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.14.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.14.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 434

15.15 compute command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.15.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.15.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.15.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43415.15.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44015.15.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 440

15.16 compute_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44015.16.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44015.16.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.16.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.16.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.16.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.16.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 441

15.17 create_atoms command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.17.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44115.17.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44215.17.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44315.17.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44615.17.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44615.17.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 446

ix

15.18 create_bonds command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44715.18.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44715.18.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44715.18.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44715.18.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44915.18.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44915.18.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 449

15.19 create_box command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45015.19.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45015.19.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45015.19.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45015.19.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45115.19.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452

15.20 delete_atoms command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45215.20.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45215.20.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45215.20.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45215.20.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45315.20.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45415.20.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454

15.21 delete_bonds command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45415.21.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45415.21.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45415.21.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45415.21.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.21.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 456

15.22 dielectric command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.22.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.22.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.22.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.22.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45615.22.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45715.22.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457

15.23 dihedral_coeff command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45715.23.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45715.23.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45715.23.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45715.23.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45815.23.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 458

15.24 dihedral_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45815.24.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45815.24.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45815.24.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45915.24.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46015.24.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46015.24.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 460

15.25 dimension command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46015.25.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46015.25.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46115.25.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46115.25.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46115.25.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46115.25.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461

15.26 displace_atoms command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461

x

15.26.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46115.26.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46215.26.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46215.26.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46315.26.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46315.26.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 463

15.27 dump command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.28 dump vtk command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.29 dump h5md command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.30 dump molfile command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.31 dump netcdf command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.32 dump image command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.33 dump movie command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.34 dump atom/adios command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46415.35 dump custom/adios command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 464


15.36 dump atom/adios command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47215.37 dump custom/adios command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472

15.37.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47215.37.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47315.37.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47315.37.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47315.37.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 473

15.38 dump cfg/uef command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47315.38.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47315.38.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47415.38.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47415.38.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47415.38.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 474

15.39 dump h5md command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47415.39.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47415.39.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47515.39.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47515.39.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47615.39.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 476

15.40 dump image command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47615.41 dump movie command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 476


15.42 dump_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48615.42.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48615.42.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48815.42.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48815.42.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49815.42.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 498

xi

15.42.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49815.43 dump molfile command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501


15.44 dump netcdf command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50315.45 dump netcdf/mpiio command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503


15.46 dump vtk command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50415.46.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50415.46.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50415.46.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50415.46.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50615.46.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50615.46.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 506

15.47 dynamical_matrix command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50615.47.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50615.47.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50715.47.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50715.47.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50715.47.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50715.47.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507

15.48 echo command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.48.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.48.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.48.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.48.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.48.5 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 508

15.49 fix command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.49.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50815.49.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50915.49.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50915.49.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51715.49.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 517

15.50 fix_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51715.50.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51715.50.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51715.50.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51715.50.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51915.50.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51915.50.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 519

15.51 group command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51915.51.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51915.51.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52015.51.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52015.51.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52315.51.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 523

xii

15.51.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52315.52 group2ndx command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52315.53 ndx2group command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 523


15.54 hyper command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52415.54.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52415.54.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52515.54.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52515.54.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52615.54.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52715.54.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 527

15.55 if command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52715.55.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52715.55.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52715.55.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52815.55.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53015.55.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 530

15.56 improper_coeff command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53015.56.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53015.56.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53015.56.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53015.56.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53115.56.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 531

15.57 improper_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53115.57.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53115.57.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53115.57.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53115.57.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.57.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.57.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 533

15.58 include command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.58.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.58.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.58.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.58.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53315.58.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 534

15.59 info command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53415.59.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53415.59.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53415.59.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53415.59.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.59.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.59.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536

15.60 jump command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.60.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.60.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.60.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53615.60.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53815.60.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538

15.61 kim_init command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538

xiii

15.62 kim_interactions command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53815.63 kim_query command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53815.64 kim_param command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538


15.65 kspace_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55015.65.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55015.65.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55115.65.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55115.65.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55615.65.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55615.65.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 556

15.66 kspace_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55615.66.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55615.66.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55815.66.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55815.66.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56215.66.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56215.66.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562

15.67 label command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.67.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.67.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.67.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.67.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563

15.68 lattice command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.68.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56315.68.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56415.68.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56415.68.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56715.68.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56715.68.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567

15.69 log command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56715.69.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56715.69.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.69.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.69.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.69.5 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 568

15.70 mass command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.70.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.70.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56815.70.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56915.70.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 569

15.71 message command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56915.71.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56915.71.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57015.71.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57015.71.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57215.71.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572

15.72 min_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57215.72.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57215.72.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573

xiv

15.72.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57315.72.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57415.72.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57415.72.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 574

15.73 min_style spin command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57515.74 min_style spin/cg command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57515.75 min_style spin/lbfgs command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 575


15.76 min_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57615.76.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57615.76.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57615.76.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57715.76.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57815.76.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57815.76.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 578

15.77 minimize command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57815.78 minimize/kk command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 578


15.79 molecule command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58315.79.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58315.79.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58315.79.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58415.79.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59015.79.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59015.79.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 590

15.80 neb command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59015.80.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59015.80.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59115.80.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59115.80.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59515.80.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59515.80.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 596

15.81 neb/spin command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59615.81.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59615.81.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59615.81.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59715.81.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60015.81.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60115.81.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 601

15.82 neigh_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60115.82.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60115.82.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60215.82.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60215.82.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60415.82.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 604

xv

15.82.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60415.83 neighbor command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 604


15.84 newton command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60515.84.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60515.84.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.84.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.84.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.84.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.84.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 606

15.85 next command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.85.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60615.85.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60715.85.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60715.85.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60815.85.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 608

15.86 package command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60815.86.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60815.86.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61015.86.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61115.86.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61615.86.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61715.86.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 617

15.87 pair_coeff command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61715.87.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61715.87.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61815.87.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61815.87.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61915.87.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 619

15.88 pair_modify command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61915.88.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61915.88.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62015.88.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62015.88.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62315.88.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62315.88.6 Default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 623

15.89 pair_style command . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62315.89.1 Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62315.89.2 Examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62315.89.3 Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62415.89.4 Restrictions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63115.89.5 Related commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63115.89.6 Default . . . . . . . . . . . .

lammps documentation · 4 run lammps 71 4.1 basics of running lammps. . . . . . . . . . . . . . . ....

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