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TRANSCRIPT
A-t-on besoin de la biologie moléculaire en mycologie hospitalière?
Stéphane BretagneHôpital Henri Mondor, CréteilCNR Mycologie Antifongiques,
Institut Pasteur, Paris
Questions
Diagnostic positifGénotypageIdentification
Aspergilloses invasives Candidoses invasives« Emergents »
Diagnostic positif
Diagnostic microbiologique des infections fongiques
Peu sensibles (< 50%)Interprétation?
Véritable infection?Colonisation?Contamination?
TardifMortalité de l’aspergillose invasive : 70-90%Mortalité des candidémies : 50 %
Une solution: la PCRLBAsérum
PCR Aspergillus LBA
Jusqu’à 35% de PCR+ (Spreadbury C. JCM 1993; Tang CM, Am Rev Resp Dis 1993; Verweij P. JCM 1994; Bretagne S.JCM 1995, Skladny R. JCM 1999 ...)
Confirmation de cultures positivesConidies en transit? Colonisaton? Infection?
5% de PCR + (Einsele H. Lancet 1998)134 patients sous flux, LBA avant greffe7/134 PCR+5 des 7 PCR+ développent une aspergillose3 des PCR- développent une aspergillose
PCR sérum
Hebart et al JID 200084 patients greffés de moelle sous flux169/1193 PCR +37,5% (30/84) patients PCR+ avant J40 et 40% (12/30) après J407 aspergilloses prouvéesSensibilité: 100%Spécificité: 65%VPP: 15,2%VPN: 100%
Comment expliquer ces résultats?
Faux + et faux -Manque de standardisation
Pas d’intérêt commercialMéthodes artisanales
Différences dues:A la méthode employée ?Aux populations testées ?
Comment expliquer ces résultats divergents ?
Germes de l’environnementOn trouve de l’ADN fongique partoutStratégie
Panfungus ?Ciblé sur des germes d’intérêt ?
Comment avancer?
Standardiser les méthodes de PCR Associer plusieurs tests de finalités différentes
Comparaison Ag-ADNRecherche d’ARN
Standardisation des techniques
PCR en temps réelSondes d’hydrolyse « Taqman »Sondes d’hybridation « FRET »
NASBAARNADN
PCR en temps réel- Prévention des contaminations -
NASBA- détection d’ARN -
Comparaison de différents tests
PCR quantitative vs GM vs ß-D-GlucanCriblage hebdomadaire des sérums149 épisodes, 96 patients d’hématologie9 prouvées, 2 probables, 13 possibles (critères EORTC)
Kawazu M, et al, JCM, 2004
Comparaison des différents tests
0,960,400,930,55ß-D-Glucan
0,960,400,930,55qPCR
1,000,550,931,00GM
NPVPPVspécificitésensibilitéméthode
Kawazu M, et al, JCM, 2004
NASBA + GM
448 sérums de 128 patients14 patients avec IA (2 prouvées, 12 probables)
Sensibilité (NASBA >5 + GM> 0,5) = 100%Valeur pronostique des index NASBA
Pb: ARNs extraits de tube EDTA
Yoo J-H, CID 2005
Seuil détection PCR Candida
Cible ARNr
détection SensibilitéCFU/ml
référence
5S Br. éthidium
15 Holmes, JCM 94
5,8S EIA 10 Fujita, JCM 95
18S Souhern-blot
100-150 van Deventer, JCM 95
18S Souhern-blot
10-100 Polanco, EJCMID 95
18S ELISA 10 Loffler, Med Mycol, 98
PCR Candida
Difficultés à concurrencer les automates à hémoculturesDétection d’ADN répétépotentiellement plus sensible que les hémocultures mais signification?
Diagnostic
Standardisation des méthodes de détectionStandardisation des méthodes d’extractionAssociation de tests de finalitédifférente
Typage moléculaire
Pourquoi disposer d’un système de génotypage?
GénétiquePopulationsReproduction clonaleSexualité
Epidémiologie cliniqueTransmission nosocomialeInvestigation d ’épidémiesIsolats pathogènes versus non pathogènesCorrespondance génotype-phénotype (résistance aux antifongiques, variation des génotypes sous pression médicamenteuses)Physiopathologie d’une infection (même isolat ou contamination avec un nouveau)…
Caryotype A. nidulans
H. Brody, PNAS 1989
RFLP + hybridation: différentes étapes pour informatiser les données expérimentales
Soll DR Clin Microbiol Rev 2000
RAPD C. albicans
Soll DR Clin Microbiol Rev 2000
MLST (multilocus sequence typing)
ME Bougnoux et al, JCM 2002
Microsatellites
Short tandem repeats: motifs de 2-6 nucléotidesPolymorphes et nombreux (Weber, Genomics 1990)Présents chez les eucaryotes inférieurs, e.g. Candida
albicans (Field et al., FEMS Immunol. Med. Microbiol. 1996; Bretagne et al., Clin. Microbiol. 1997) etAspergillus fumigatusAnalyse par PCR et séquenceur automatique
Microsatellite parfait
Figure 1
Allele 1 (122bp) --------TTAGCATTAGCATTAGC [ACAAGC] 4 TTTATAA--------
Allele 2 (128bp) --------TTAGCATTAGCATTAGC [ACAAGC] 5 TTTATAA--------
Allele 3 (134bp) --------TTAGCATTAGCATTAGC [ACAAGC] 6 TTTATAA--------
Allele 4 (140bp) --------TTAGCATTAGCATTAGC [ACAAGC] 7 TTTATAA--------
Allele 5 (146bp) --------TTAGCATTAGCATTAGC [ACAAGC] 8 TTTATAA--------
Gène RPM2 C. glabrata (F. Foulet, JCM accepté)
Microsatellite: analyse des produits de PCR d’A. fumigatus
Analyse des microsatellites d’isolats d’Aspergillus fumigatus
Isolat 1
Isolat 2
Isolat 3
C. albicans :2 allèles
C. albicans :homozygote
Microsatellite: analyse des produits de PCR de C. albicans
Applications du génotypage:
Question: Infection nosocomiale ou non?Deux exemples
Aspergillus fumigatusCandida albicans
G : 16 / 20G : 16 / 20
15 / 15 20 / 2215 / 15 20 / 22
13 / 14 10 / 1013 / 14 10 / 106 / 76 / 7
13 / 13 8 / 8 13 / 13 8 / 8
A : 80 / 93A : 80 / 93
M : 78 / 89M : 78 / 89
13 / 14 11 / 1113 / 14 11 / 11
21/ 22 9 / 9 9 / 921/ 22 9 / 9 9 / 9
14 / 1414 / 14
OutpatientOutpatient ClinicClinic ::74 / 7974 / 79
200 m200 m
GardenGarden56 / 6156 / 61
16/18 8/8 16/18 8/8 13/1513/15
15 / 1715 / 17
5 / 5 18 / 205 / 5 18 / 20
11 / 1111 / 11
8 / 9 8 / 9
4 / 44 / 4
6 / 6 7 / 10 6 / 6 7 / 10
HematologyHematologyUnitUnit
HôtelHôtel--Dieu, ParisDieu, Paris
Institut Pasteur, Laboratoire des Aspergillus Debeaupuis JP et al, Inf Immun 1997
--2525
--2020
--1515
--1010
--55
00
55
1010
1515
2020
2525
NumberNumber ofof monthsmonths
NumberNumber ofof isolatesisolates
Institut Pasteur, Laboratoire des Aspergillus Debeaupuis JP et al, Inf Immun 1997
EE
P
P
P
P
-3
1.1-1.5 4.5 1 environmental
≥ 2 environmental
1 clinical≥ 2 clinicalref. strain
Isolates
Bart-Delabesse et al, JCM 1998
RRéépartition des gpartition des géénotypesnotypesen fonction de len fonction de l’’origineorigine
clinique ou environnementaleclinique ou environnementale
November December January February March April May June July August September October November
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20 21 22
23
24
Pt 3-C
Pt 4-D*
Pt 1-A
Pt 2-B
Pt 30-X
Pt 18-H
Pt 17-OPt 16-N
Pt 14-L*
Pt 13-K
Pt 12-J
Pt 11-EPt 10-I
Pt 9-I
Pt 8-H
Pt 7-GPt 6-F
Pt 5-E
Pt 15-M*
Pt 28-V
Pt 27-I
Pt 26-U
Pt 25
Pt 24-S
Pt 23-R
Pt 22-Q
Pt 21-H
Pt 19-P
Pt 20-I
Pt 21-H
Pt 24-S*
Pt 25-T*
Pt 29-W*
B4
B3
B2
B1
Stéphan et al CID 2002
Conclusion génotypage
Nombreuses techniques possiblesDéfinir sa questionUne technique donnée ne répondra pas à toutes les questions
Identification
Filaments dans une biopsie ?
Diagnostic des mucormycoses
Identification
Cultures difficiles de certains champignonsExtraction d’ADN de biopsiesAmplification, séquençageComparaison aux banques de données
A-t-on besoin de la biologie moléculaire en mycologie hospitalière?
OUIDomaine en plein développement
Intérêt certain pour une meilleure prise en charge des patients